Un conjunto de mausoleos fechados entre los siglos XV y XVI nos sirven para enlazar la fase final del estilo gótico con las primeras manifestaciones renacentistas. En primer lugar, procedente del exmonasterio de Fresdelval, hemos de destacar el sepulcro de D. Juan de Padilla, paje de la reina Isabel la Católica, que murió en la Guerra de Granada en 1491. El sepulcro, de alabastro, consta de un gran arco apuntado, dispuesto entre pilares adosados, que cobija el arca sepulcral y la escultura orante de D. Juan, ejecutada con gran maestría. La decoración combina las tracerías tardogóticas con relieves y esculturas de caracteres ya renacentistas. Este sepulcro es una de las obras maestras que Gil de Siloé realiza en Burgos a lo largo del último tercio del siglo XV.

También procedente del exmonasterio de Fresdelval es el gran sepulcro doble de alabastro de D. Gómez Manrique y su esposa, Dña. Sancha de Rojas, fundadores del mismo. Desgraciadamente, el arca sepulcral se conserva incompleta, pues, en origen, estuvo decorada con figuras exentas en hornacinas. El mausoleo está considerado como una obra de mediados del siglo XV realizada por algún maestro borgoñón.

Por último, tenemos el sepulcro de Dña. María Manuel, madre del famoso obispo Acuña, que procede del exconvento de San Esteban de los Olmos. El arca, de piedra caliza, está decorada con una Piedad (cabecera), un Calvario (pies), las imágenes de San Antonio de Padua, San Esteban y San Bernardino de Siena (lateral derecho), y la Estigmatización de San Francisco y los escudos de los Manuel y los Girón (lateral izquierdo). La figura yacente, de alabastro, viste de gala y lleva el cordón franciscano. Este sepulcro está atribuido a Simón de Colonia y fue realizado entre los siglos XV y XVI.

Seguidamente, tenemos que destacar dos magníficos retablos que corresponden a épocas distintas. El primero, procedente del exmonasterio de San Pedro de Tejada, es un retablo de tablas pintadas dedicado a San Pedro. Se compone de dos cuerpos divididos en cinco calles. Destacan, en el cuerpo inferior, un Cristo de Piedad y, en el superior, “La misa de San Gregorio”, “La detención de San Pedro” y “La resurrección de un joven por San Pedro”. En la calle central, se dispone la escultura en bulto del santo titular. Las pinturas, fechadas hacia 1503-1506, son obra de Fray Alonso de Zamora, también conocido como “Maestro de Oña”.

El segundo retablo, situado frente al sepulcro de Dña. María Manuel, es un retablo dedicado a la Asunción procedente del desaparecido monasterio cisterciense de Santa María la Real de Vileña. Es obra del escultor burgalés Pedro López de Gámiz y está datado en el año 1581. La Asunción aparece flanqueada por las imágenes de San Benito y San Bernardo, mientras que, en el ático, se representa una Piedad.

La puerta de madera de estilo mudéjar que se expone en esta planta, fechada entre los siglos XV y XVI, daba acceso a la Sala de Poridad del Arco de Santa María. Tiene decoradas las dos caras. En la externa, aparece una estrella central con lacerías entre las que se intercalan flores, aves y el escudo de Castilla y León. En la cara interna, aparece un gran “salvaje”.

Conectando con la muestra de pintura sobre tabla, hay que destacar dos obras dedicadas a los martirios de San Lorenzo atribuidas al denominado “Maestro de Budapest”, activo en Burgos en la segunda mitad del siglo XV. En ellas, se representa al santo sufriendo el martirio de los hierros y el martirio de la parrilla.

Ya en la exposición de pintura sobre tabla propiamente dicha, podemos contemplar un interesante conjunto de obras pertenecientes a las escuelas castellana y flamenca. De maestros burgaleses están consideradas las dos pinturas procedentes de la iglesia de San Miguel de Hontoria de la Cantera: “La procesión del toro en el monte Gargano” y “La Virgen de la leche”. De escuela castellana son “San Roque con el ángel” y “El martirio de San Erasmo”, tabla con doble escena, y “La decapitación de San Juan Bautista”. De Pedro Berruguete se considera “La misa de San Gregorio” procedente de Cogollos. Y, finalmente, de talleres flamencos son “La Piedad”, atribuida al taller de Rogier van der Weyden, y “El Cristo de las lágrimas”, pintado por el holandés Jan Mostaert.

La gran escultura de piedra caliza policromada que se expone a continuación representa a Santa María la Mayor. La obra, de un estilo muy flamenco, fue realizada probablemente por Gil de Siloé a finales del siglo XV para adornar la fachada del Arco de Santa María.

De gran importancia es el conjunto de ocho pinturas sobre tela de sarga dedicadas a la Pasión de Jesucristo procedentes del monasterio de San Salvador de Oña. Fueron pintadas por Fray Alonso de Zamora hacia 1500-1510 y constituyen un valioso documento para el estudio de la vestimenta y el armamento de la época.

También hay que destacar el conjunto de paneles de nogal decorados con relieves de la vida de la Virgen y de la Pasión de Jesucristo procedentes del convento de Nuestra Señora de la Merced (Burgos), que formaban parte de un gran retablo realizado por el escultor Gregorio Pardo (?-h.1557).

Finalmente, merece la pena fijarse en el Niño Jesús de mármol blanco procedente del desaparecido convento de San Pablo (Burgos). El Niño Jesús aparece aquí caracterizado con el canon clásico de un joven efebo. Es obra del escultor florentino Michelangelo Naccherino (1550-1622) y nos sirve para enlazar con el siguiente período.